Mustafa Kemal, İstanbul’a döndükten sonra birkaç defa yeni Padişah ile görüştü. Vahidettin kendisini dostça karşıladı. Savaş durumuna ilişkin alınmasını gerekli gördüğü önerilerini Padişaha iletti. Ancak umduğu sonucu alamadı. 16 Ağustos 1918 günü yapılan Cuma selamlığında gerçekleşen görüşme esnasında Vahidettin, kendisini 7. Ordu Kumandanlığı’na yeniden tayin ettiğini bildirdi. Görünüşte Mustafa Kemal Paşa’ya büyük şeref bahşedilmişti. Ama o, öyle düşünmüyordu. Bu tayin yine Enver Paşa’nın entirikaları ile elde edilmiş bir sürgün idi.
Yeniden yollara düşen Mustafa Kemal, 26 Ağustos 1918’de Haleb’e ulaştı. Karargâhının bulunduğu Nablus’a vardığında hasta olduğu halde cepheyi teftişe çıktı. Bu yüzden hastalığı arttı ve yatağa girmek zorunda kaldı. Mustafa Kemal’in bölgedeki askerî durumla ilgili raporlarında zikrettiği akibetler tamamıyla görülmüştü. Falkenhein, daha kuvvetlerini toparlayamadan İngilizler taaruza geçerek Kudus’ü zapt etmişlerdi. Görevden alınan Folkenhein’in yerine Yıldırım Orduları Grubu Kumandanlığı’na Liman von Sanders atanmıştı. Yeni komutan da Suriye’yi adım adım savunmak için geniş bir cephe üzerinde zayıf kuvvetlerle mevzi muharebesi yapmak hatasına düşmüştü.
Yıldırım Orduları Grubu’nun emrinde 7, 8 ve 4. Ordular vardı. Çok üstün İngiliz kuvvetlerine karşı geniş bir cepheye yayılan, mevcut sayıları üçte bire inen, yedek kuvvetlerle desteklenemeyen, iaşe ve ikmal sıkıntıları çeken Türk Ordusu ile bu bölgeleri savunmak çok zordu. 19 Eylül sabahından başlayarak İngilizler, on misli bir kuvvetle 8. Ordu’ya taarruz edip bu ordunun cephesini yardılar. Bu ordunun hezimete uğramasıyla Mustafa Kemal Paşa’nın emrindeki 7. Ordu’nun da Şeria’nın batısındaki geri çekilme hatları kesilmişti. Şeria nehrinin başlıca geçitleri de düşman eline geçmişti. Liman von Sanders, zamanında kendisini uyaran Mustafa Kemal’i dinlemiş olsa bunlar yaşanmayabilirdi.
O, hasta yatağında kendisine ulaşan bilgiler üzerine İngilizlerin böyle bir saldırı yapacaklarını tahmin etmiş ve ordusunun kurmay subayları ile durumu değerlendirip gerekli tedbirleri almıştı. Ne var ki, İngiliz saldırısına ihtimal vermeyen Sanders, hiçbir önlem almadığı için İngilizlere esir düşmekten son anda kurtulmuş ve Mustafa Kemal’in 7. Ordusu da tehlikeli bir duruma düşmüştü. Mustafa Kemal, üstün yeteneğini bir kere daha göstererek hazırladığı plan gereğince 7. ve 4. Orduların işbirliğini sağlamış ve Bisan’da bulunan düşman kuvvetleri durdurularak ilerlemelerine engel olunmuştu. Bu sayede 7. Ordu, 22-23 Eylül günlerinde Şeria’nın doğusuna geçirilebilmişti. Bundan sonra Şam İstikametinde geri çekilme uygulanmaya başlandı (27 Eylül 1918).
Padişah, olağanüstü hizmetleri ve ordusunu imha olmaktan kurtardığı için Mustafa Kemal’e 22 Eylül 1918’de “fahrî yaverlik” unvanını verdi. Sanders, Şam bölgesinde savunma yapılmasını planlıyordu. Mustafa Kemal, uygulanması mümkün olmayan bu fikre şiddetle karşı çıktı. O, ancak Şam’ın kuzeyinde bulunan Rayak bölgesinde savunma yapılabileceğini düşünüyordu. Önerisini, Yıldırım Orduları Grubu Komutanı’na ve Başkumandanlık Erkan-ı Harbiye Riyaseti’ne telgrafla bildirdi. Bu arada Sanders’in emriyle 7. Ordu’yu 4. Ordu Komutanı emrine bırakmış, 28 Eylül’de Rayak bölgesindeki birliklerin komutasını devralmıştı. Aynı gün geri çekilen 7 ve 4. Ordu birlikleri Şam-Rayak hattına alındı. Mustafa Kemal, 29 Eylül günü çektiği telgrafla birliklerin tamamının Rayak bölgesine çekilmesi önerisini Başkumandanlığa iletmiş ve Şam’ın savunulamayacağını anlatmıştır. Gerçekten de Şam, bundan bir gün sonra 30 Eylül günü düştü.
Aynı gün Mustafa Kemal, Rayak’tan da kuzeyde Haleb bölgesine çekilmeyi önermek üzere Humus’ta bulunan Liman von Sanders’in yanına giderek önerilerini anlattı. Sanders’in, onun geri çekilme düşüncesine hak vermesine rağmen kendisinin bir yabancı olduğunu, böylesine hayatî bir kararı ancak memleketin sahiplerinin verebileceğini söylemesi üzerine Mustafa Kemal, “O halde kararım uygulanacaktır” dedi. Daha sonra da kendi düşünceleri istikametinde gerekli emirleri verdi. Sanders’in tutumu, daha önce de çeşitli fırsatlarda bir yabancının cephe kumandanlığı yapamayacağını savunan Mustafa Kemal’i haklı çıkarmıştı. Eğer Mustafa Kemal, bu geri çekilme kararını vermemiş olsaydı, ileride telafisi mümkün olmayacak derecede kuvvet kayıplarına sebep olacak, Anadolu’yu savunmak zorlaşacaktı.
Bütün kuvvetleri önce Haleb’de toplayan Mustafa Kemal, daha sonra da Haleb kuzeyinde yanları korumalı bir hatta savunma önlemleri aldırdı. İngilizlerin, İskenderun-Belen-Diri Cemal-Tellürrifat hattındaki bu savunma mevzilerine karşı yaptıkları saldırılar durduruldu. 28 Ekim 1918’de Antakya’da bu hattın içine alındı. Mustafa Kemal, daha sonra bu hattı, ulusal sınırlar olarak kabul edecektir.
30 Ekim 1918’de imzalanan Mondros Mütarekesi ile Osmanlı Devleti savaştan çekildi. Aynı gün Mustafa Kemal Yıldırım Orduları Grubu Kumandanlığı’na atandı. 31 Ekim günü Adana’da kumandanlığı Liman von Sanders’ten devir aldı. Mustafa Kemal’e göre, müttefiklerimiz için savaş bitmiş olabilirdi. Oysa Türk’ün bağımsızlık savaşı yeni başlıyordu. Mütarekenin galip devletlere tanıdığı geniş haklara ve birliklerin teslimini gerektiren hükümlere rağmen tespit edilen hattın ulusal sınır olarak kabul edilmesini birliklerinden istemişti.
İngilizlerin İskenderun’a asker çıkarma isteklerini reddetmiş ve bunun üzerine Osmanlı hükümeti arasında görüş ayrılıkları çıkmıştı. Mütarekenin ilk günlerinde bazı genç subayların komutasında küçük gruplar oluşturarak derinlikte direnişin devamını sağlayacak önlemler alan Mustafa Kemal, ileride Anadolu’yu savunacak milli gücün temelini atıyordu. Yine bu amaca dönük olarak silah ve mühimmatı güvenli yerlere gizliyordu. İskenderun’u İngilizlere teslim etmemesi üzerine 7 Kasım 1918’de Yıldırım Orduları Grubu ve 7. Ordu lağvedildi ve Mustafa Kemal Paşa İstanbul’a çağrıldı.
Mustafa Kemal’in 7. Ordu komutanı olarak uyguladığı strateji ve taktik takdire şayandı. Düşmanın genel taarruzunu değerlendirmesi, bu öngörüsü doğrultusunda önceden tedbirler alması, zamanında geri çekilmesi ve bunu bir kuvvet örtüsü gerisinde yapması, savunmanın Anti-Lübnan dağlarında yapılabileceğini düşünmesi, başsız kalmış dağınık birlikleri toplaması, Haleb’de kuvvetlerini gruplandırarak bir felakete sebebiyet vermeden Rayak’tan kuzeye çekilmesi, dikkate değer önemli başarılardır. O, bir kere daha üstün komutanlık yeteneğini, askerî harekâtlar arasında en zorlarından biri olan “geri çekilme”yi başarıyla uygulayarak göstermiştir.