İşgal güçleri ve İstanbul Hükümeti’nin baskıları sonucunda çok sevdiği askerlik mesleğinden ayrılmak zorunda kalan Mustafa Kemal Paşa, milletin sivil ferdi ve Milli Mücadele’nin lideri olarak ülkenin kurtuluşu için çalışmıştır. O, askerlik mesleğinden istifa ettiği 8 Temmuz 1919’dan Başkumandanlık yasasının kabul edildiği 5 Ağustos 1921 tarihine kadar milli kuvvetlerin örgütlenmesinde, düzenli orduların kurulmasında, iç ayaklanmaların bastırılmasında ve düşmanla yapılan muharebelerde örgütleyici ve yönlendirici bir rol oynamasına rağmen askeri harekâtta komutan olarak fiilen ve resmen görev almamıştır.
Bu süre zarfında diğer arkadaşlarını görevlendirmiş, askerî harekâtı ve askerî hazırlıkları savaşın amacına uygun olarak yönlendirmiş, Sakarya Meydan Muharebesi’nden itibaren ise fiilen ve resmen başkomutanlığı devralmış ve Kurtuluş Savaşı’nın sonuna kadar hem harp yönetiminin hem de askerî harekât yönetiminin sorumluluğunu aynı anda taşımıştır.
Batı cephesinde çok üstün kuvvetlerle 10 Temmuz 1921’de başlayan Yunan saldırısı başarıya ulaşmış, Eskişehir düşmüş, İsmet Paşa, Türk ordusunun Alpu-Çifteler hattına çekilmesini emretmişti. Yunanlıların Seyitgazi doğusundaki Kırgız dağını ele geçirmesi üzerine Türk birlikleri daha geriye alınmıştı. 18 Temmuz’da Karacahisar’a nakledilmiş olan Garp Cephesi’ne gelen Mustafa Kemal, duruma müdahale etmek mecburiyetini duymuş ve cephe kumandanına orduyu Sakarya gerisine çekmek üzere Eskişehir’in kuzey ve güneyinde toplanması için talimat vermişti. Savaşan iki ordu arasına nehri sokmak ve Türk ordusuna derlenmek toplanmak için zaman kazandırmayı düşünmüştü. Mustafa Kemal’in yönlendirmesiyle İsmet Paşa, geri çekilme emrini vermiş ve durumu Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Reisliği’ne vekâlet eden Fevzi Paşa’ya da bildirmişti. Onun da onayı ile çekilme başlamış ve 25 Temmuz’a kadar Türk birlikleri Sakarya’nın doğusuna çekilmişlerdi.
Türk ordusunun bu şekilde geri çekilişinin en büyük sakıncası Eskişehir gibi stratejik bakımdan önemli bir kenti ve birçok toprakları düşmana bırakmaktan dolayı kamuoyunda doğabilecek manevî sarsıntıydı. Mustafa Kemal’e göre bu sakıncalar, kısa zamanda elde edilebilecek başarılı sonuçlarla kendiliğinden ortadan kalkacaktı. Askerliğin gereği, kararsızlığa düşmeden uygulamak gerekiyordu. O da bunu yapmıştı.
Onun tahmin ettiği manevî sakıncalar hemen kendini gösterdi. İlk tepkiler TBMM’den geldi. Özellikle muhalifler, düşman tehlikesinin Ankara yakınlarına gelmesi ile Mustafa Kemal’e sert eleştiriler yöneltmeye başladılar. Mustafa Kemal’i ve kumandanları bu sonuçtan sorumlu tutuyorlardı. Meclis’te heyecan ve hiddet son dereceyi bulmuştu. Milletvekilleri arasında “Ordu nereye gidiyor? Millet nereye götürülüyor? Bu gidişatın elbette bir sorumlusu vardır; O nerededir? Onu göremiyoruz. Bugünkü acıklı ve korkunç durumun asıl sorumlusunu ordunun başında görmek isterdik.” şeklinde sesler yükseldiği gibi, son ümidin de kaybolduğuna inananlar bile vardı.
Mustafa Kemal’in ordunun başına geçmesini isteyen muhalif grup, bütün bu başarısızlıkları ona yıkıp yıpratmak düşüncesindeydi. Ona inanlar ise, ordunun başına geçtiği takdirde bilgi ve tecrübesiyle ülkeyi kurtaracağını ileri sürüyorlardı. Bazı milletvekilleri de Mustafa Kemal’in ordunun başına geçmesinin son ümidin de yitirilmiş olduğu inancını doğuracağını ve kamuoyunda olumsuz etki yapacağını ileri sürüyorlardı. Ancak yapılan tartışmalarda milletvekillerinin büyük çoğunluğu, Atatürk‘ün ordunun başına geçmesini son çare ve son önlem olarak görüyorlardı.
Meclisin bu görüşü çabucak halk arasında da yayılmıştı. Tartışmalar karşısında Mustafa Kemal’in sessiz kalması ve komutayı almak için bir girişimde bulunmaması, felaketin yakın ve kesin olduğu inancını yaygınlaştırmıştı. Bunu anlar anlamaz kürsüye çıkan Mustafa Kemal, 4 Ağustos 1921’de verdiği bir öneri ile başkomutanlığı kabul ettiğini bildirdi ve beklenen yararların çabucak elde edilebilmesi için Meclis’in tüm yetkilerinin kendisine verilmesini ve bunun üç ay gibi kısa bir süreyle sınırlandırılmasını istedi. Bu önergenin okunmasından sonra tartışmalar “Başkumandan Vekili” mi yoksa “Başkumandan” mı olması gerektiği üzerinde yoğunlaştı.
Mustafa Kemal, kişisel endişeler taşıyanlara ve Meclis’in iş göremez hale düşeceğinden korkanlara teminat verdi. İstediği yetkileri temin edecek bir kanun tasarısı hazırladı. 5 Ağustos 1921’de yapılan oylama sonucunda “Başkumandanlık Kanunu” kabul edildi. Böylece yaklaşık bir yıl aradan sonra Başkumandan sıfatıyla bütün sorumluluğu üstlenerek Kurtuluş Savaşı’nda askerî harekâtın kumandasını eline aldı.