Şiiliğe karşı Sünniliği geliştirmek ve devlet memurlarını yetiştirmek üzere ilk devlet medreseleri XI. yüzyıl başlarında Gazne’de kurulmuştur. Bunlardan, Gazneli Sultan Mahmut zamanında Beyhaki’ye Saidiye, Ebu Saad el Astrabadî ve Ebu Ishak el-İsferainî olarak dört medresenin adları bilinirse de mimarî özelliklerini veya yapı şekillerini anlatan veya gösteren herhangi bir kaynak ve eser kalmamıştır.
Sengbest’te, Gaznelilerin Tûs Valisi Arslan Cazip Türbesi’ne bitişik olarak ribatla birlikte bir medrese binasının bulunduğu ileri sürülmüş ise de tamamen yıkılmış olan bu yapı hakkında kesin bir bilgi edinilememiştir. 1913’te Niedermayer’in basit krokisinde iki yanda odalar sıralanan dikdörtgen veya kare bir avlu ön ve arkada iki veya yalnız önde bir eyvan belli olmaktadır.
Büyük Selçuklular zamanında bu öğretim müesseseleri geniş bir devlet teşkilâtı haline getirilmiş devlet memurları buralarda yetiştirilmiştir. Bunlardan ilki Nişabur’da kurularak, ilk defa medrese adı kullanılmıştır.
Nasırî Hüsrev, Nişabur medresesinin, Büyük Selçuklu Sultanı Tuğrul Bey’in emri ile kurulduğunu kendisi Nişabur’dan 22 Nisan 1046’da geçerken yapının epeyce ilerlemiş olduğunu kaydeder. Bununla aynı zamanda ve sonraki yıllarda, diğer medreselerin de temelleri atılmıştır.
Bağdat, Tûs, Isfahan, Herat, Belh gibi şehirlerde kurulan büyük medreselerde bu öğretim müesseseleri süratle gelişmiştir. Selçuklular ve Atabekleri zamanında, bunlar bütün imparatorluk memleketlerine dağılmış, Irak, Suriye ve Mısır’a kadar götürülmüştür. Bağdat medresesi 1067’de tamamlanmıştır. Büyük Selçuklu Medreselerinden, her ikisi Melikşah zamanından olmak üzere Horasan’da Hargird Medresesi ile, Rey’de küçük bir medrese kalmıştır.
Tahminen 1087 tarihinde yapılmış olan, tam bir harabe halindeki Hargird Medresesi’nde, tonozu yıkılmış kıble eyvanından başka bir şey görünmez. Fakat, Godard tarafından yapılan son araştırmalar, her ne kadar Creswell tarafından şüphe ile karşılanmış ve cami olması ihtimali ileri sürülmüşse de bunun kare bir avlu etrafında dört eyvanlı medrese olduunu göstermiştir. Kıble eyvanında kalan tuğla süslemelerin tam benzerleri, güneydoğu taraftaki eyvanın duvar kalıntısı üzerinde de görülmektedir. Kıble eyvanının genişliği 7.04 m.’dir.
Yan duvarları üçer sivri kemerle dışarı açılmaktadır. Uzun zaman pişmemiş topraktan olduğu zannedilmiş, fakat inceleme sonunda iyi cins sarı tuğladan yüksek kabartma olarak yapıldığı anlaşılmıştır. 90 cm. genişlikteki kitabe kuşağının alt yarısı yazı, üst yarısı rumî ve palmetlerden süsleme halinde olup, harflerin kolları, iki kısmı birbirine bağlamaktadır. Çok kabarık olan kitabe, tuğla zeminden 8-10 cm. kadar yükselmektedir. Kitabenin büyük kısmı ve tarihin yazılı olduğu sonu kaybolmuştur. Kitabenin kalan kısmı yerinden sökülmüş olup, şimdi Tahran Müzesi’nde bulunmaktadır.
1937’de Rey’de meydana çıkarılan ikinci dört eyvanlı Selçuklu medresesi Melikşah zamanından kalma bir yapıdır. Zengin ştuk süslemeli mihrabı, kuzey-güney eyvanları, doğu-batı eyvanlarından daha küçük ve birbirine eşit olarak yapılmıştır ki, bu umumî kaideye aykırıdır. Medresenin duvarlarını kaplayan süslemelerden bir kısmı kalmış olup, bunun eski ihtişamı hakkında fikir vermektedir. Geometrik bölümler içinde damarlı rumiler, palmetler ve kıvrık dallardan ibaret süslemeler arasında, karşılıklı iki sülünü canlandıran figürlü bir süsleme de dikkati çekmektedir.
Creswell bunun bir ev olduğunu ileri sürmektedir. Talebe hücreleri de yoktur. Fakat mihrabı çevreleyen kûfî kitabeler, bunun ev olması fikrine uymaz. Selçuklu mimarisinde dört eyvanlı plân şeklinin camilerden önce medreselerde ortaya çıktığı, melikşah zamanından kalan bu iki medresede açıkça görülmektedir. Bu plân daha sonra yine Selçuklular tarafndan camilere tatbik edilerek dört eyvanlı cami plânı yaratılmıştır. Bu plân şeklini Selçuklular, Karahanlı ve Gazneli mimarisinden almışlardır. Akça Kale ve Kurtlu Şehir Kervansarayları ile Gaznelilerden Sultan Mahmut’un XI. yüzyıl başından Leşker-i Bazar sarayında dört eyvanlı plân tamamıyla gelişmiş olarak, Selçuklulardan önce gerçekleştirilmişti.