Öğrenim hayatına sivil öğretim kurumlarında başlayan Mustafa Kemal, çocukluğundan itibaren askerlik mesleğine duyduğu büyük ilginin de yönlendirmesiyle asker olmak istiyordu. Anılarında anlattıklarına göre, Askeri Rüştiye öğrencisi olan komşu çocuğu Ahmet’in üniformalı görüntüsü ve sokakta rastladığı subayların üniformalarının onun üzerindeki etkisi, askerlikle ilgili heveslerini kamçılıyordu.
Yüreği askerlik mesleğine karşı ilgi ve sevgi ile dolan Mustafa Kemal, asker olmasını istemeyen annesine haber vermeden Selanik Askeri Rüşdiyesi’nin sınavlarına girer ve başarılı olur. 1894’te bu okulun ikinci sınıf öğrencilerinden birisi olarak askeri öğrenime başlar. Daha çocuk yaşta böylesine önemli bir kararı tek başına vermesi, onun kararlılığının, kuvvetli kişiliğinin ilk belirtileridir.
Askeri Rüşdiye’de en çok matematik dersine meraklıdır. Bu dersin öğretmeni Yüzbaşı Mustafa Sabri Bey, O’nun yetenek ve yaratıcılığını takdir eder ve O’ndan gördüğü bu değerleri ifade etmek için “Kemal” adını verir. Bundan sonra adı, Mustafa Kemal olarak anılmaya başlar. Mustafa Sabri Bey, yirminci asrın dâhisi olarak kabul edilen Mustafa Kemal’in sahip olduğu üstün yeteneği ilk defa gören ve takdir eden kişi olmuştur. 1895 yılı sonu veya 1896 yılı Ocak ayında on beş yaşındaki Mustafa Kemal, Askeri Rüşdiye’nin son sınıfını dördüncü olarak bitirir.
Askeri Rüştiye’yi bitiren Mustafa Kemal, idadî öğrenimine İstanbul’da devam etmeyi düşünür. Ancak değerli bir kurmay subay olan Hasan Bey, O’nu bu fikrinden vazgeçirmek için Manastır Askeri İdadisi’ne girmesini tavsiye eder. 1896 yılı Mart ayında bu okulda öğrencilik hayatı başlar.
Pek çok yeni arkadaş edinir. Bunlar arasında Mustafa Kemal’i en çok etkileyenlerden biri ileride ünlü bir hatip olacak olan Ömer Naci, onda şiir, edebiyat ve hitabete ilgi ve merak uyandırmıştır; ancak kitabet dersi öğretmeni Mehmet Asım Efendi ona kendisini askerlikten uzaklaştıracağı için şiirle uğraşmayı yasaklar. Hocasının bu öğüdüne uymakla birlikte güzel yazı yazmak ve güzel konuşmak merakı onda daima var olmuştur. Bu konuda oldukça yetenekli olan Mustafa Kemal, askeri ve siyasi hayatında lise yıllarında kazanmaya başladığı bu hasletlerinden gerektiği zaman yararlanmasını bilmiştir.
Mustafa Kemal Selanik’te geçirdiği tatillerinde, Frerler Okulun’daki bir Fransız rahibinden yasak olduğu için gizlice Fransızca dersleri aldı. Gelecekte olmayı düşündüğü kurmay subaylık için yabancı dil bilmeyi gerekli şartlardan biri olarak görüyordu. Nitekim o, idadiden başlayarak gençlik yılları boyunca Fransızca öğrenmeye büyük önem vermiştir. Bu birikimin bir sonucu olarak Fransızca eserleri anlayacak derecede dil bilgisini ilerletmişti.
İdadîde okuduğu sırada Mustafa Kemal’i etkileyen olaylardan biri de 1897 yılının ilk aylarında başlayan Türk-Yunan Savaşı olmuştur. Savaş başladığı sırada sınıra yakın olduğu için Manastır en hareketli günlerinden birini yaşıyordu. Eli silah tutan erkekler davul ve zurnalar eşliğinde askere çağrılıyorlar; öğrenciler ise ellerinde bayraklarla yürüyüş yapıyorlardı. Bu savaş atmosferinden etkilenen Mustafa Kemal ile bir arkadaşı gönüllü olarak askere gitmek düşüncesiyle okuldan kaçarlar, ancak kısa bir süre sonra öğrenci oldukları anlaşılınca okula geri gönderilirler. Mustafa Kemal bu olayı şöyle anlatır: “Gençlik hayatımın en heyecanlı günlerini yaşadım. Yaşımın küçük olmasına rağmen bu savaşa katılmayı çok istemiştim. Az daha gönüllü müfrezelerin arasına katılıp gidecektim.”
Türk ordusu otuz iki gün gibi kısa bir sürede Yunanlıları mağlup edip Atina yolu açılmasına rağmen Avrupa devletlerinin baskısı sonucunda ele geçirdiği yerlerden çekilmekle kalmayıp Girit’e özerklik verilmesi, genç Mustafa Kemal de derin bir hayal kırıklığı yaratır. Devletin acizliğinin sorumlusu olarak padişahı görmekte ve tepkisini ona yöneltmektedir.
Manastır Askeri İdadisi’nde Mustafa Kemal başarılı bir öğrencidir. 1898 yılı Aralık ayının ikinci yarısında sınıfını ikinci olarak bitirip diplomasını alır. Böylece kendisini bekleyen meslek hayatına doğru ikinci basamağı da başarı ile atlamış olur.
Bütün çocukluğu ve ilk gençlik yıllarının geçtiği Makedonya’dan ilk defa ayrılan Mustafa Kemal, 13 Mart 1889’da Harp Okulu’na gelir ve piyade sınıfına yazılır. Böylece onun hayatında 1283 Apolet numarasını kullandığı öğrencilik yılları başlar. İki ay gibi kısa bir süre içerisinde kendisini tanıtarak sınıfının kısım çavuşu olur. Mustafa Kemal, Harbiye’de öğrenime başladığı sırada, Okul Kumandanı Mustafa Zeki Paşa; öğretim başkanı ise Esat Paşa’dır. O zaman ki adıyla Mekteb-i Harbiye-i Şahane, devrin en modern öğretim kurumlarından biridir.
1877-1878 Türk-Rus Savaşı’nda Türk ordusunun büyük bir bozguna uğraması uluslararası alanda ve ülke içinde yeniden bir yapılanmaya gidilmesi gerektiği gerçeğini ortaya çıkarmıştı. Bu çerçevede II. Abdülhamit kişisel dostu ve müstakbel müttefiki olarak gördüğü Alman İmparatoru Wilhelm’den Harp Okulu’nu devrin gereklerine göre yeniden düzenleyebilecek uzmanlar göndermesini istedi. II. Wilhelm hem kendisinin askerlik öğretmeni hem de Berlin Harp Okulu’nun harp tarihi öğretmeni olan Binbaşı Colmar von der Gotz’u gönderdi. Paşalık rütbesi verilen Goltz, “Umum Askeri Mektepler Müfettişliği”ne tayin edildi.
Goltz’un, önerileri doğrultusunda Alman Harp Okulu’nun program ve ders konuları Harbiye’de yürürlüğe konuldu. Goltz göreve başladığında, Türk askeri okullarında okutulan bilimsel derslerin iş bitirici subay yetiştiremediği ve öğrencilerin kafalarını gereksiz bilgilerle doldurduğu kanısına varmıştı. Eskimiş bilgilerle dolu Fransız kopyası ders kitapları, öğrencileri ezberciliğe itiyordu. Uygulamalı dersler ise hemen hemen yok denecek kadar azdı. Harp Okulu’ndan mezun olan genç subaylar, kuramsal bilgilere sahip olmalarına karşılık uygulamalı hizmetleri yapmakta yetersiz kalıyorlardı.
Goltz, Harp Okulu için yeni bir ders programı hazırladı. Yeni programda kültürel derslerin sayıları azaltılırken uygulamalı askeri derslere ağırlık verildi. Yapılan bu düzenlemeler sonucunda Harp Okulu çağının modern askeri okullarından biri haline geldi. Mustafa Kemal 13 Mart 1899’da öğrencilik hayatına başladığında Harp Okulu gibi çağdaş bir kurumda öğrenim görme fırsatını elde etmişti.
Mustafa Kemal, Harbiye’nin birinci sınıfındaki hayatını şöyle anlatır:
“Birinci sınıfta saf gençlik hayallerine tutuldum. Dersleri ihmal ettim. Yılın nasıl geçtiğinin farkında olmadım. Ancak dersler kesilince kitaplara sarıldım.”
Mustafa Kemal, Harbiye’nin ilk sınıfını 736 kişi arasında 29. olarak bitirdi. Kendisi her ne kadar dersleri ihmal ettiğini söylese de elde ettiği derece onun başarılı bir öğrenci olduğunu göstermektedir. İkinci sınıfta 420 arkadaşı arasında 11. olarak üçüncü sınıfa geçer.15 Üç yıllık öğrenimin sonunda Harp Okulu’dan 8. olarak mezun olur. Harp Okulu yıllarında Mustafa Kemal’in askeri derslere yoğun bir ilgisi vardır. Güzel söylemek ve güzel yazmak tutkusu devam etmektedir. Ders aralarında arkadaşları ile güzel konuşma yarışmaları yapar, tartışmalar düzenler.
O günler ülkede I. Abdülhamit Devri’nin en baskılı yıllarıdır. Düşünme, ifade etme ve bilgilenmeyle ilgili hemen hemen her şey yasaktır. Bu baskıcı yönetime karşı bir kısım aydınların kurtuluş yolu olarak gördükleri meşrutiyetçi fikirlerden Mustafa Kemal de etkilenir ve siyasi konularla ilgilenmeye başlar. Ona göre, ülkenin durumunu düzeltmek isteyenler örgütlenmeliydi. Bu örgütlenmeyi ise ülke genelinde ancak genç subaylar, yapabilirdi. Nitekim Mustafa Kemal Harbiyeli gençler arasında güvendiği arkadaşlarına gittikleri yerlerde örgüt kurmaları için telkinde bulunmuştur.
Harp Okulu’ndan derece ile mezun olan Mustafa Kemal, Erkân-ı harp (kurmay) sınıfına geçmeyi hak edenler arasında idi. Harp Akademisi’nin öğrenim dönemi üç yıl sürüyordu. Bu okulda ilgi alanları arasına tarih eklenmişti. Tarihi şahsiyetler arasında Napoléon’u çok beğeniyordu. Bir taraftan yoğun şekilde ders çalışırken diğer taraftan siyasi konularla uğraşmaktan da geri kalmıyordu. Arkadaşları ile bir araya gelip el yazısı ile çıkarttıkları gazete başlarına dert açtı. İstikballerini tamamen mahvedebilecek bu olay, kendisine de zararı dokunacağı için Okul Kumandanı Ali Rıza Paşa tarafından örtbas edildi. Mustafa Kemal 11 Ocak 1905 Çarşamba günü Kurmay Yüzbaşı rütbesi ile mezun oldu. 37 arkadaşı arasında kurmaylık hakkını kazanan 13 kişi arasında başarı sıralamasında beşinci olmuştu. Böylece 1894’te başlayan askeri öğrencilik süreci tamamlanmış ve geleceğin büyük kumandanı üstesinden geleceği güç görevleri başarmak üzere ordu saflarındaki yerini almıştır.